在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔，从左到右分别是：

1 序列的名字（Read的名字）

2 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表

1     序列是一对序列中的一个

2     比对结果是一个pair-end比对的末端

4     没有找到位点

8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点

16   在这个比对上的位点，序列与参考序列反向互补

32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补

64   序列是 mate 1

128 序列是 mate 2

假如说标记为以上列举出的数目，就可以直接推断出匹配的情况。假如说标记不是以上列举出的数字，比如说83=（64+16+2+1），就是这几种情况值和。

3 参考序列的名字（染色体）

4 在参考序列上的位置（染色体上的位置）

5 mapping qulity 越高则位点越独特

bowtie2有时并不能完全确定一个短的序列来自与参考序列的那个位置，特别是对于那些比较简单的序列。但是bowtie2会给出一个值来显示出 这个段序列来自某个位点的概率值，这个值就是mapping qulity。Mapping qulity的计算方法是：Q=-10log10p，Q是一个非负值，p是这个序列不来自这个位点的估计值。

假如说一条序列在某个参考序列上找到了两个位点，但是其中一个位点的Q明显大于另一个位点的Q值，这条序列来源于前一个位点的可能性就比较大。Q值的差距越大，这独特性越高。

Q值的计算方法来自与SAM标准格式，请查看SAM总结。

6 代表比对结果的CIGAR字符串，如37M1D2M1I，这段字符的意思是37个匹配，1个参考序列上的删除，2个匹配，1个参考序列上的插入。M代表的是alignment match(可以是错配)

7 mate 序列所在参考序列的名称

8 mate 序列在参考序列上的位置

9 估计出的片段的长度，当mate 序列位于本序列上游时该值为负值。

10 read的序列

11 ASCII码格式的序列质量

12 可选的区域

AS:i 匹配的得分

XS:i 第二好的匹配的得分

YS:i mate 序列匹配的得分

XN:i 在参考序列上模糊碱基的个数

XM:i 错配的个数

XO:i gap open的个数

XG:i gap 延伸的个数

NM:i 经过编辑的序列

YF:i 说明为什么这个序列被过滤的字符串

YT:Z

MD:Z 代表序列和参考序列错配的字符串

 

示例：

HWI-ST170:265:5:44:14178:183344#0 145 1 62421 37 63M1I35M 18 56843949 0 CCTGTATACATAGTAATCAAAGTGTACCACTGGTCGGTGTTTGTGTTCAGGCCCCTGTTGGGTAATGTGCATGTGAAGACCTCAGGTGGTATAGTTTTG CEE?@F@BE@GGEGFBHHEDEEEDEEBEDHHBGHGGFHHDFHHHGGGGFFFEEEHFHFGFHHHHHFHHHFHHHHGHGHEHHHHHHHHHFHHHHHHHHHH RG:Z:DU23M01_Duroc XT:A:U NM:i:4 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:20T22C1A52

HWI-ST170:264:5:61:3024:21492#0 113 1 62421 37 63M1I29M = 6885283 6822868 CCTGTATACATAGTAATCAAAGTGTACCACTGGTCGGTGTTTGTGTTCAGGCCCCTGTTGGGTAATGTGCATGTGAAGACCTCAGGTGGTATA @:;9AFGCHFHHHEGGGHDCADA?E@EEDAHFHHFFHHHFFHHHHHHHHHFHFHDHHHHHHHHGHGHHGHFHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHH RG:Z:DU23M01_Duroc XT:A:U NM:i:4 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:20T22C1A46

 

FCC1L2FACXX:3:2106:15923:93264 99 1 1073 0 100M = 1461 488 TGTGAAGGCCCCCTGCTCTGACTGTGTTAGTGTCCATTTCTCCTTTTACGGTTGTAGCAGTTGCCTTCTACATTGCGGGGATCCTGTATTGGGTGCATGT ___eceeegfggggdgiiifghii[degfhfgfdffhhhfhfghiiighiiH^`Vbgfffihhiiiihhddbdgfgccca][^bbbbbccbca[X^Y_b_ MD:Z:98A1 PG:Z:MarkDuplicatesRG:Z:SRR949625 NM:i:1 AS:i:98 XS:i:98

FCC1L2FACXX:3:2111:13731:89147 163 1 1073 7 100M = 1438 465 TGTGAAGGCCCCGTGCTCTGACTGTGTTAGTGTCCATTTCTCCTTTTACGGTTGTAGCAGTTGCCTTCTACATTGCGGGGATCCTGTATTGGGTGCATAT bbaeeeeefggggefhiiiihiiicgghhigdehhhiiihiieffhiihihbggdghihfgffhihihf`geed_cecac]accb]_bcccbc^a_bcbb MD:Z:12C87 PG:Z:MarkDuplicatesRG:Z:SRR949625 NM:i:1 AS:i:95 XS:i:95